請求人Ａさんは、派遣会社から支払われた給与のうち、自分で負担した通勤費相当額を給与などの収入金額から除外して給与所得金額を計算、源泉徴収額の還付を請求しました。
しかし、原処分庁が「通勤費相当額は非課税の通勤手当には当たらない」と所得税更正処分を行ったことから、
Ａさんは国税不服審判所に審査請求しました。
給与所得者が給与に加算して受ける通勤手当は、通常必要と認められる部分として政令で定めるものについて一定の限度額まで非課税となっています。
Ａさんは、?通勤手当が給与に含めて支払われているという理由で課税されるのは公平でない、?通勤費は給与を得るための必要経費。税制上、一定の範囲で非課税措置（控除）が認められるべき、?支払った通勤費には消費税が含まれており、さらに所得税を課すのは二重課税――など主張しました。
審判所は、通勤手当が派遣会社から別途支給されていない以上は、「通勤費相当額を非課税所得とする規定はない。通勤費を負担したとしても、給与等の収入金額から除外することはできない」と処分庁を支持。所得税法では、「個々の経費の実額控除は認められず、あくまで収入金額に応じた必要経費の概算控除的性格がある給与所得控除が原則」としました。
課税上不公平とする主張については、「（同審判所は）原処分庁の処分が違法または不当か否かを判断する機関であって、法令自体の当否または合理性を判断することはその権限に属さないから、審理することはできない」と一蹴。二重課税は「課税対象が異なることから問題は生じない」としました。以上の判断からＡさんの請求は棄却されました。
派遣労働者が増加するなか、通勤費課税に不満の声も高まっていますが、現行制度ではカバーできないことを改めて示したかたちです。（エヌピー通信社）
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