グリーン定期やグリーン券の購入代金を会社が通勤手当として社員や役員に支給した場合、
その税務上の取り扱いはどうなるのでしょうか？
会社から支給する通勤手当は、手当という名前の通り給与（役員給与）の一部として支給されるものです。しかし、通勤手当は給与（役員給与）であっても他の手当てとは違い、一定の限度額までは所得税がかかりません（非課税）。したがって、源泉徴収の対象にもならないわけです。
ただし、非課税の通勤手当と認められるのは、「最も経済的かつ合理的と認められる通常の通勤の経路及び方法による運賃等の額」（所令20の2）と定められており、グリーン車の利用は「最も経済的かつ合理的と認められる通常の通勤」とは認められていません。（老齢、病弱、身体に障害があるなど、グリーン車での通勤が合理的である相当な理由があれば、認められるケースもあります。）
したがって、会社がグリーン定期やグリーン券の購入代金を支払った場合、グリーン車利用分の金額については、課税給与（役員給与）として源泉徴収しなければなりません。グリーン定期の場合は、グリーン定期購入代金と通常定期購入代金との差額について課税給与（役員給与）として源泉徴収することになります。
ところで、グリーン車を出張等で使い、その費用を会社が支払った場合はどうでしょうか？
その場合、社内規定等で定められたもの（たとえば部長以上はグリーン車利用可能、○km以上はグリーン車利用可能）であれば、会社の経費として認められます。
